W 2005 roku opublikowano sekwencje genomu pierwszego innego niż człowiek przedstawiciela naczelnych – szympansa. Szympans jest najbliżej spokrewnionym z człowiekiem spośród żyjących obecnie gatunków, dlatego porównanie sekwencji obu genomów ma ogromne znaczenie dla zrozumienia przebiegu naszej ewolucji. Genom szympansa jest bardzo podobny do ludzkiego i koduje zbliżony zestaw genów. Sekwencje obu tych genomów są identyczne w 96% (99%, jeżeli pominie się insercje i delecje nie dające się dopasować przy porównywaniu sekwencji). Biorąc pod uwagę wielkość genomu, daje to ok. 35 milionów różnic nukleotydowych i ok. 5 milionów delecji lub insercji. Większość tych różnic przypada na obszary niekodujące, w obszarach kodujących pozostaje ok. 3 milionów różnic. W przypadku 29% genów kodowana sekwencja aminokwasowa jest identyczna, a na jedno białko przypada średnio jedna różnica aminokwasowa. Dla porównania, między genomami człowieka i myszy występuje ok. 60 razy więcej różnic, a między genomami myszy i szczura – ok. 10 razy więcej. Z drugiej strony, różnice między genomem człowieka i szympansa są ok. 10 razy większe, niż różnice między genomami ludzi z odległych ewolucyjnie populacji.